ヤフーは2016年6月に、電子書店「eBookJapan」を運営するイーブックイニシアティブジャパンの株式を公開買付けにより取得している。その後、ヤフーは同社の電子書籍サービスであるYahoo!ブックストアとeBookJapanを統合した。その際、eBookJapanのユーザーに対し、ヤフーアカウントへの移行をおこなっており、2020年5月26日までに移行していない場合、電子書籍が閲覧不能な状態となっていた。そんな中、ヤフーに移行したユーザーからも、eBookJapan時代に購入した本が消えてしまうという事例が出ているようだ（大和田秀樹さんのツイート、Togetter）。

この報告をおこなったのは漫画「ガンダムさん」 「ムダヅモ無き改革」「大魔法峠」などの原作者である大和田秀樹氏。曰く、

孫正義にうちのマンガ勝手に捨てられたなう。ebookjapanにしばらくログインしてなかったらヤフーID消された模様なう。は?買った何万円分ものマンガは?釣りキチ三平全巻はッ?!!!!三国志全巻はどこ?!もうここでは二度と買わない。

とツイートしている。過去に取り上げたことがあるが、ヤフーではIDの不正利用などが相次いだことから、使われていないIDを利用停止にする作業などが実施された。この影響でebookjapanに紐付けられていたIDが使えなくなったり、複数のヤフーIDを持つユーザーがIDを一つに整理した結果、気がつかずにebookjapanに紐付けられていたIDを削除してしまう事例が起きていたようだ。中には何百冊と購入したebookjapanの電子書籍が読めなくなったと述べている人もいる模様。

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