東京新聞の記事によると、マイナンバー事業を担う地方公共団体情報システム機構の関連事業費が、当初の契約から約2.6倍、金額にして1655億9000万円にまで増加していたことが判明したそうだ。原因は発注後に契約内容を変更するケースが相次いだためだとしている（東京新聞）。

東京新聞がマイナンバー導入初期に業者へ発注した事業78件について、機構の提供した資料を基に20年度末時点の進捗を調べた。その結果、78件のうち半数弱の37件で契約変更が生じており、うち15件が4回以上変更を繰り返していた。変更が最も多かった事業では29回もの変更が行われていたとしている。

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