読売新聞の記事によれば、COVID-19対応で使われなかった「幻のシステム」なるものが存在するという。「症例情報迅速集積システム（FFHS）」がそれで、素早く感染者情報を把握する目的で、厚生労働省の研究班が新型インフルエンザ対応の反省から7年かけて開発した（読売新聞）。

このシステムに関しては20年2月に、厚労省からCOVID-19向けにシステムを改修するようメールで指示があった。しかし、導入されたのは同時期に急遽開発されたHER-SYSだったという。使われなかった経緯は分からないが、HER-SYSの開発を主導した橋本岳副大臣（当時）にFFHSの情報は上がっていなかったのが一因とされている。開発を担当した北見工業大の奥村貴史教授によると、「自治体が使いやすいよう意見交換を重ねて設計していたのに、政府は過去の教訓を生かさず、HER-SYSを導入した」と話している。

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