マイナカードを健康保険証として用いた場合に、本来の自己負担割合と異なって表示される事例が全国で5695件に上った（東洋経済）。

これとは別に、医療機関のレセプトコンピュータが、マイナ保険証対応の「オンライン資格確認システム」にきちんと対応していない問題もあったらしく、券面と異なる窓口負担割合が表示された事例が「1つの医療機関で20～30件もの誤表示が見つかったところが散見される」という。

厚労省も対策は逐次とっているようだし、（正確な数字は分からないので、とりあえず）大雑把に桁でいうと0.1％程度のミスは大した問題ではない、という意見もあるだろうが、心もとないと考える国民は多いようで、10月15日時点でマイナカードは9648万枚発行されているが、マイナ保険証の利用件数は5月の853万件をピークに月を追うごとに減り続け、8月の利用率は全体の4.6％にとどまっている。

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