朝日新聞の報道によると、政府は接触通知アプリ「COCOA」の委託先を4月1日から変更した。平井デジタル改革担当相は、多重下請け構造が修正の遅れの原因となったとの見方から、発注の管理体制を見直す方針を取っていた。大臣は3月16日の会見[動画]で、「いっぱいぶら下がる形になっていたのを、すっきりさせてもいいのかなと私は思っている」と話していたが、最終的には関係企業は従来の6社から7社に増加することとなった（朝日新聞）。

3月までの業務はパーソルプロセス＆テクノロジーとの随意契約となっていたが、4月1日以降は「エムティーアイ」との随意契約に変更された。先の朝日新聞の記事によれば、パーソルプロセス＆テクノロジーが委託していた企業のうち、パーソルプロセス＆テクノロジー以外の5社に関しては4月以降も業務に関与するとしている。厚労省によればエムティーアイから改修や保守運用をしっかりできるよう再委託が必要だとする説明があったとしている。

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