政府は 10 月 4 日午前 7 時 27 分 10 秒、北朝鮮による弾道ミサイル発射を受け、Jアラートによる国民保護に関する情報を発令したが、このうち東京都大島町、利島村、新島村、神津島村、三宅村、御蔵島村、八丈町、青ヶ島村、小笠原村に向けて発信された情報は誤りであったことがわかった（NHKニュース）。松野官房長官が 4 日午後の記者会見で明らかにした。

7 時 27 分の Jアラート発令情報では、対象地域は北海道および東京都の島しょ部、 2 町 7 村となっていたが、都によると 2 分後の午前 7 時 29 分、Jアラートの内容を訂正するとして北海道が外れ青森県が対象地域に追加されたことが国から通知されたという。 その 13 分後の午前 7 時 42 分に国からメールおよびファックスで通知された情報には「ミサイルは午前7時29分ごろ北海道、青森県の上空を飛翔し太平洋へ通過」と記されており、その後、都の担当者がテレビを確認したところ、Jアラートの対象地域から都の島しょ部が消えていたという。

それまでに都は、対応のため 30 人ほどの職員を都庁に集め、「災害即応態勢」をとって情報収集にあたり、防災アプリや Twitter などのSNSを用いて都民に注意を呼びかけていたが、突然、対象地域から都の島しょ部が消えたことで、どのように対応すべきか、判断に迷うことになったという。

また、東京 23 区の中心に位置する千代田区では、防災行政無線を通じて 4 日午前 7 時 27 分と 29 分にそれぞれ、国民保護に係る警報のサイレン音が吹鳴された（朝日新聞、朝日新聞の YouTube 動画、千代田区ホームページ）。
区によると、千代田区においては、Jアラートの対象を東京都全域としており、防災行政無線の自動起動により、Jアラート情報の放送を実施したという。 今回の事象を踏まえ、区では今後、一部気象情報等を除き、原則、千代田区が対象の場合のみに Jアラートが作動するよう設定変更を行うとしている。

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